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SurePrint技術,寡核苷酸的高通量私人定制
  • 發布日期:2018-07-04      瀏覽次數:1443
    • 基因芯片、二代測序捕獲Panel,甚至FISH探針,均早已進入了私人定制時代。可靠的私人定制可以幫助用戶更好的靶向基因序列目標區域,在節省費用的同時獲得目標區域的更可靠的信息。私人定制說來輕巧,門檻可不低。對于終端用戶而言,私人定制往往有不低的起訂量門檻和很長的貨期,這對于正處于優化與摸索階段的用戶來說是個頭疼的問題。對于有些廠家來說,由于其私人定制需要重合光衍生膜或者合成模板,起步成本就很高,同時占用工廠的產能,如果不設低起訂量,不僅不*還影響了正常產品的生產。所以,真正意義的私人定制既要有靈活的起訂量又要有合理的可負擔的價格和貨期。

       

      安捷倫擁有的工業級寡核苷酸合成技術,借助該技術安捷倫可以提供業內為靈活的寡核苷酸合成,包括合成基因芯片、二代測序的靶向捕獲探針文庫、FISH探針,以及近非常熱門的CRISPR 向導RNA文庫。安捷倫之所以具備如此全面而靈活的合成能力,還要追溯安捷倫的歷史。

       

      很多人不知道,安捷倫源自惠普(HP)。在具有里程碑意義的1999年,安捷倫的老東家惠普宣布戰略性重組,將HP一拆為二,其中安捷倫作為獨立的測量公司包攬了元器件、測試與測量、化學分析、和醫療儀器業務,而HP則作為一家計算機與影像公司繼承了老東家的名字。HP的打印技術*,安捷倫借助惠普的技術優勢,直接把噴墨打印技術用在了寡核苷酸合成上。在一些介紹安捷倫寡核苷酸合成技術的資料上大家可能會看到 “inkjet” 技術。沒錯,inkjet就是噴墨技術,在百度百科里將其解釋為 “一種新的無接觸、無壓力、無印版的印刷技術,將電子計算機中存儲的信息輸入噴墨印刷機即可印刷”。腦洞大開的安捷倫將不同顏色的墨盒換成了A/T/C/G四種堿基,直接在玻璃片上原位打印合成寡核苷酸,這種寡核苷酸的合成無需接觸、無需制板,直接將電腦里的核酸序列信息轉化為玻璃片上的寡核苷酸。這一技術即我們所說的SurePrint技術。

      圖1. SurePrint 技術合成寡核苷酸

      的噴墨工藝可準確運送極小量的待噴點物質到位置,在小小的一塊標準尺寸載玻片上可以打印多達1百萬條不同的寡核苷酸序列。SurePrint技術一次打印的寡核苷酸不僅數量多,同時質量也相當可靠。講到質量,它包括三個因素:長度,產率以及準確度。在傳統的合成技術下,一旦寡核苷酸的長度超過50 mer,就會開始累積大量缺失,導致終有效的寡核苷酸的數量大幅降低。圖2可以清楚的看出,傳統技術(紅色)在合成50 mer長度的寡核苷酸時,全長的高保真寡核苷酸的產率不到40%;在合成150 mer長度的寡核苷酸時,全長產率甚至不到5%,這也就是為什么很多公司提供的合成服務的價格隨著核酸長度的增加呈幾十倍的增長。而SurePrint技術可以妥妥的合成長度超過200 mer高保真度的寡核苷酸,價格的增加也很有限。對了,SurePrint還有一套完善的實時質量監察系統,它可以對每一次噴點進行確認,以小化甚至消除漏點以及合成中斷的問題。所以用戶若是想獲得靈活多樣的合成服務,那非安捷倫莫屬了。

      圖2. 傳統合成技術與SurePrint技術對比

      看到這里,您可能會問,這么多的寡核苷酸探針要如何設計才能確保他們的有效性呢?這里小編就不得不夸一夸功能強大又使用方便的SureDesign免費在線設計工具。SureDesign是一款基于網頁的應用程序,用戶無需付費即可使用。在 SureDesign 中,您可以選擇安捷倫目錄產品定義的探針組或構建您自己的探針組。比如,利用這款工具,您可以自行設計您自主知識產權的二代測序靶向序列捕獲探針組,只要把需要富集的基因名或坐標輸入系統,SureDesign便會自動幫您設計優化的探針組;如果您相中了某款安捷倫目錄產品,但又想在其基礎上增加或減少一些探針,也可以通過SureDesign實現。用同樣的方法您還可以設計微陣列芯片、FISH探針以及CRISPR的向導RNA文庫。是不是非常方便啊!如果您有定制的需求,不妨快來試試SureDesign,自己動手設計產品!

       

    魏經理
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